Durante la primera mitad de esta temporada el equipo liderado por Mike debe hacerse con las seis tarjetas de Scylla, vitales para derrotar a La Compañía. El grupo está configurado por Michael Scofield, Lincoln Burrows, Fernando Sucre, Sara Tancredi, Brad Bellick y Alexander Mahone. Todos ellos están bajo el control de su superior, el agente Donald Self. Para el sexteto, a excepción de Sara, el hacerse con las tarjetas de Scylla es la única manera de liberar sus cargos, y ser libres una vez acabada la misión.
4 - 1Scylla, el libro negro Sep. 01, 2008
4 - 2La incursión Sep. 01, 2008
4 - 3Operación cancelada Sep. 08, 2008
4 - 4Águilas y ángeles Sep. 15, 2008
4 - 5Sano y salvo Sep. 22, 2008
4 - 6Contratiempo Sep. 29, 2008
4 - 7La quinta tarjeta Oct. 06, 2008
4 - 8El precio a pagar Oct. 20, 2008
4 - 9Triunfo amargo Nov. 03, 2008
4 - 10La leyenda Nov. 10, 2008
4 - 11Silencio total Nov. 17, 2008
4 - 12Esperanza Nov. 24, 2008
4 - 13Acuerdos Dec. 01, 2008
4 - 14Solo negocios Dec. 08, 2008
4 - 15La despedida Dec. 15, 2008
4 - 16El estado del sol Dec. 22, 2008
4 - 17Mina de oro Apr. 17, 2009
4 - 18VS Apr. 24, 2009
4 - 19H.D.P. May. 01, 2009
4 - 20Vaqueros e indios May. 08, 2009
4 - 21Tarifas de intercambio May. 15, 2009
4 - 22Asesinando tu número May. 15, 2009